George Roger Waters 1943-ban született a délkelet-angliai Great Bookhamben egy keresztény tanár házaspár kisebbik fiaként. Korán félárva maradt, öt hónapos volt, amikor apja 1944-ben Apriliában, az anziói csatában elesett. (2014-ben Apriliában Waters emlékművet állíttatott apjának és a háború áldozatainak.) Özvegy édesanyja a gyermekeivel Cambridge-be költözött.
Waters Cambridge-ben járt iskolába, itt ismerte meg a későbbi Pink Floyd együttes két tagját, Syd Barrettet és David Gilmourt. Két további taggal, Nick Masonnel és Richard Wrighttal 1962-ben a londoni Regent Street-i Politechnikumban (a későbbi Westminsteri Egyetemen) találkozott. Mérnöknek készültek, de hamar a zenélés mellett döntöttek.
Előbb Waters és Mason játszott együtt, majd 1963 végén Wrighttal, Keith Noble énekessel és Clive Metcalfe basszusgitárossal kiegészülve Sigma 6 (illetve Meggadeaths) néven együttest alapítottak. Waters ritmusgitározott, Mason dobolt, Wright billentyűs hangszereken játszott, főként magánrendezvényeken léptek fel. Metcalfe és Noble kilépése után Waters basszusgitározott, Syd Barrett és az új tag, Bob Klose gitározott. Formációjuknak 1964-ben – több próbálkozás után – a Tea Set nevet adták. Ebből született meg 1965 végén Barrett, Mason, Waters és Wright alapításában a legendás Pink Floyd, amely az évek során a pszichedelikus rock legfontosabb együttese lett. 1967 augusztusában adták ki The Piper at the Gates of Dawn című első nagylemezüket, amelynek nagy részét Barrett írta, Waters a Take Up Thy Stethoscope and Walk című önálló szerzeményével debütált rajta.