Brian Peter George Eno néven született a suffolki Meltonban. 1959-ben az ipswichi St Joseph’s College-ban, a Keresztény Iskolatestvérek rend iskolájában kezdte meg tanulmányait. Itt kezdett érdeklődni a művészetek és a zene iránt. 1964-ben beiratkozott az Ipswichi Művészeti Iskolába, ahol egyik tanárával, Tom Phillips vizuális művésszel életre szóló barátságot kötött. 1969-ben a Winchesteri Művészeti Iskolában szerzett képzőművészeti diplomát.
Még winchesteri évei alatt részt vett a későbbi Who gitárosának, Pete Townshend egyik előadásán. Ez az előadás rádöbbentette, hogy formális képzés nélkül is tudna zenélni. 1964-ben csatlakozott első együtteséhez, a négytagú Black Aceshez, amelyben dobolt, majd 1967-ben több avantgárd zenei formációban is alkotott.
Profi zenei karrierje Londonba költözése után kezdődött el. Egy vasútállomáson véletlenül összefutott korábbi iskolatársával, Andy Mackay szaxofonossal, aki meghívta az akkoriban alakuló Roxy Music együttesbe. 1971-től két évig volt a banda tagja. Játszott az első két albumukon, a Roxy Musicon (1972) és a For Your Pleasure-ön (1973). Koncertjeiken eleinte a színpadon kívül felállított keverőpult mellett zenélt és vokálozott, majd miután az együttes lemezszerződést kapott, Eno csatlakozott hozzájuk, a színpadon játszva szintetizátorozott.