Szilágysomlyón született somlyói Báthory István erdélyi vajda és Telegdi Katalin fiaként. Várdai Pál esztergomi érsek, majd I. Ferdinánd bécsi udvarában töltötte apródéveit, az egyetemet Padovában végezte. A humanista műveltségű, jó politikai érzékkel és hatalmas vagyonnal megáldott Báthory alig volt huszonhárom éves, amikor ő fogadta az Erdélybe visszatérő Izabella királynét, Szapolyai János özvegyét és annak fiát, János Zsigmond megválasztott királyt. Megkapta a legfontosabb erdélyi katonai pozíciót: váradi főkapitány lett. Két ízben járt követként a császárnál, a második alkalommal két évre börtönbe vetették, ahonnan csak 1567-ben engedték haza. Kiszabadulása után birtokaira húzódott vissza, politikai szerepet nem vállalt. Katolikus hitéről nem volt hajlandó lemondani, s amikor János Zsigmond erővel akarta unitárius vallásra téríteni, megfutamította annak katonáit.
János Zsigmond 1570-ben, a speyeri egyezményben végleg lemondott a magyar királyi címről, de megtarthatta Erdélyt magának és leszármazottainak. A következő évben azonban utód nélkül halt meg, és az egyezmény szerint Erdély a Habsburg király, Miksa uralma alá került volna. Miksa Bekes Gáspárt jelölte a trónra, de a szabad fejedelemválasztás jogához ragaszkodó rendek inkább Báthoryt választották meg. Ő nemcsak a töröknek tette le a hűségesküt, hanem Miksát is biztosította lojalitásáról, ő mégis Bekest nevezte ki erdélyi vajdának. Az udvarhű trónkövetelőt Báthory az 1575. július 8-i kerelőszentpáli csatában leverte, híveit kegyetlenül kivégeztette.
Fejedelemként a korábbi adományok fölülvizsgálásával, a kereskedelem és bányászat fölvirágoztatásával, új árszabás bevezetésével szervezte át a gazdasági életet.